เม็ดสีอินทรีย์เป็นอินทรียวัตถุที่ไม่ละลายน้ำ โดยปกติจะเติมลงในสารตั้งต้นโดยมีสถานะกระจายตัวสูงเพื่อให้สีแก่สารตั้งต้น ความแตกต่างพื้นฐานระหว่างสีกับสีย้อมคือสีย้อมสามารถละลายได้ในสารย้อมสีที่ใช้ ในขณะที่เม็ดสีไม่สามารถละลายได้ในตัวกลางที่ใช้หรือในสารตั้งต้นที่จะทำสี
เม็ดสีและสีย้อมหลายชนิดมีความสอดคล้องกันในโครงสร้างทางเคมี และวิธีการใช้ที่แตกต่างกันสามารถทำให้พวกมันเปลี่ยนกันเป็นสีอื่นได้ ตัวอย่างเช่น สีย้อมถังและสีย้อมถังกำมะถันบางชนิดสามารถใช้เป็นสีย้อมไฟเบอร์ได้ หากถูกลดขนาดเป็นสารลิวโก หากไม่ลดลงก็สามารถใช้เป็นเม็ดสีสำหรับหมึกคุณภาพสูงได้
เม็ดสีอินทรีย์ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในหมึก สี สารเคลือบ สีเยื่อดิบของเส้นใยสังเคราะห์ เช่นเดียวกับการพิมพ์เคลือบผ้า พลาสติก ยาง และสีหนัง โดยในจำนวนนี้มีการใช้เม็ดสีในปริมาณมากที่สุดในหมึกพิมพ์ ผลผลิตของเม็ดสีอินทรีย์คิดเป็นประมาณหนึ่งในสี่ของผลผลิตสีย้อมทั้งหมด
สีย้อมที่ทำจากสารประกอบอินทรีย์มีสองประเภท: สีธรรมชาติและสีสังเคราะห์ เช่น สีครามและสีฟ้าไห่ชาง สีย้อมอนินทรีย์เช่นสีย้อมแร่สอดคล้องกับสีเหล่านี้
สีย้อมอินทรีย์ธรรมชาติบริสุทธิ์ส่วนใหญ่เป็นสีย้อมจากพืช ตามองค์ประกอบทางเคมี แบ่งได้เป็น 7 ประเภท ได้แก่ แคโรทีนอยด์ แอนทราควิโนน แนฟโทควิโนน ฟลาโวนอยด์ เคอร์คูมิน คราม และคลอโรฟิลล์
